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不过银河系保卫战结束后並没有迎来和平，反而迎来了银河系的內战。
盘古一族虽然拿下了胜利，但是也元气大伤。
原本站在盘古一族阵营的各智慧生命体种族，大部分决定越盘古一族元气大伤反戈。
银河系保卫战盘古一族除了对付猪獠人外，对那些背叛银河系的本土智慧生命体种族，盘古一族几乎也是下死手，而且比同为阵营的其他种族更加积极，这也导致了盘古一族的损伤加重。
原本和盘古一族同为阵营的其他智慧生命体种族，就想趁盘古一族延期大山后推翻盘古一族统治银河系的地位，然后瓜分盘古一族的科技以及势力。
银河系保卫战在结束不久后的10年，银河系发生的內战，盘古一族歷史称为惩罚战爭。
当时候只有少部分继续站在盘古一族的智慧生命体种族，没有受到盘古一族惩罚。
盘古一族虽然元气大伤，但是作为银河系唯一的六阶文明种族，根本不是五阶文明和其以下的文明可以抗衡的存在，就算盘古一族元气大伤，十不存一对付全盛时期的五阶文明还是绰绰有余，甚至不费吹灰之力都没问题。
更何况是已经和他们一起作战数万年，实力也不在全盛时期的五阶文明。
这些智慧生命体会突然间背叛盘古一族，其实也是盘古一族的阴谋。
盘古一族到时候在战爭结束不久，放弃了许多他们掌控的地区，一直退守到银河系的中心地区，甚至中心地区有些部分都放弃了。
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一开始有一些国家，例如五阶文明和四阶文明，刚开始试探占领一些银河系內为盘古一族放弃的势力，发现盘古一族没有任何的反应后。
各阶文明就开始吞併盘古一族放弃的领域，这也让各阶文明国家的野心膨胀了起来，各国合计不如趁他病要他命。
这些国家组成联盟后，向盘古一族宣战后才发现，就是元气大伤的盘古一族，也不是他们能抗衡的，更何况盘古一族的元气大伤並没有他们想像的那么严重，故意放弃那些掌控的领域，其实就是在试探他们。
这个试探就已经让盘古一族决定要將他们全部毁灭。
惩罚战爭20年不到的时间就已经结束了。
背叛盘古一族的所有的智慧生命体种族，文明基因，一切都遭到了毁灭，就是机械族的资料库也被盘古一族格式化掉。
惩罚战爭结束过后，盘古一族又做了一项决定。
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