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会议结束后，黄巢立刻展现出了他雷厉风行的一面。
他以王仙芝的名义，颁布了一系列的整军法令。
首先，便是重新整编部队。
黄巢基於长期的实战经验，参照了《周礼》中“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军”的记载，对这支成分复杂的大军，进行了大刀阔斧的整编。
他深知，若想將所有票帅麾下的部队全部打乱重组，不仅阻力巨大，而且在短时间內也不利於草军形成有效的战斗力。
因此，他採取了一种更为务实的折中方案。
他依旧让各大票帅统领各自的核心部队，但对部队的规模和编制，进行了强制性的规定。
如兵力满万者，便可单独立为一“军”，授军帅之职；如不满万，则必须与其他实力较弱的大小帅进行混编，共同组成一“军”。
如此一来，原先鄂州大营那號称十余万，实则良莠不齐的草军，经过一番汰弱留壮，最终被整编为八个主力“老军”。
分別由毕师鐸、柴存、秦彦、王重霸、李罕之、黄鄴、黄揆、黄钦八人担任军帅。
其中，毕师鐸和柴存是跟隨王仙芝起家的元老，麾下老卒精锐，兵力皆过万，顺理成章地各自独领一军。
而秦彦、王重霸、李罕之三人，则瓜分了之前被王仙芝斩杀的柳彦章所部的老营，也各自凑足了一军的编制。
剩下的三军，则全部由黄巢的亲兄弟黄业、黄揆、黄钦担任军帅，摩下也皆是原先黄巢的本部精锐。
实际上，在这一次整编中，黄巢是裁汰冗兵、筛选精锐最为彻底的。
他將自己麾下数万兵马反覆甄选，最终实打实地练得了三万战力最强的核心部队，其真实战力，恐怕比其他五位军帅加起来还要强悍。
但王仙芝看著自己这一系，名义上占据了五军的名额，便也没有多想，默认了这种划分。
之后，为了明確各军归属，加强指挥效率，黄巢又下令，通过旗帜的顏色、
號衣的款式以及统一样式的腰牌，来表明各军的番號。
这样一来，通过整编八军，王仙芝、黄巢二人，极大地削弱了那些大票帅对自己本部兵马的绝对控制权，將指挥权牢牢地收归到了中军。
其次，便是统一號令，严明军法。
他规定，全军上下，只认王仙芝的都统大纛与他本人的將令。凡战时，闻鼓而进，闻金而退，有敢擅自行动、临阵脱逃者，立斩不赦！
然后將唐军的军法做了一遍刪减，便作为了草军自己的军法。
当然黄巢也有自己的发挥，其中最重要的一条就是，草军丟了领將后，其所在的部队將全部被驱赶离开草军。
这对草军大部分人来说，其实和死了差不多。
被从草军大家庭赶走，这些人在已经打烂了的城外，根本活不过三天。
更不用说，草军到底是一种集体军营，集体感是很强的，个人要是被集体拋弃，那种丧失感，自己都会不寒而慄。
最后，也是最狠的一条，便是收缴各营的粮草財物，统一由中军大营新设立的“粮料院”进行登记和分配。
这三道法令一出，整个草军大营，怨声载道。
那些习惯了各自为政、拥兵自重的票帅们，感觉自己就像被拔了牙的老虎，浑身难受。
尤其是最后一条，收缴粮草財物，更是动了他们的命根子。
不少人私下里串联，想要联合起来，向王仙芝哭诉，逼他收回成命。
然而，他们还没来得及行动，黄巢的屠刀，便已经高高举起了。
第一个被开刀的，便是一个在军中颇有实力，但素来桀驁不驯的老牌票帅。
此人自恃劳苦功高，公然抗命，不仅拒绝上缴自己营中的粮草，还在酒后扬言，要带本部兵马离开鄂州，“另立山头”。
黄巢二话不说，当夜便亲率自己的牙军，包围了他的大帐。
在经过一番短暂而血腥的衝突之后，那名票帅和他手下几十个核心亲信的头颅，便被高高地掛在了鄂州城的城门之上。
这血淋淋的人头，如同一盆冰水，瞬间浇灭了所有人的反抗之心。
他们终於明白了，这一次，王仙芝和黄巢，是来真的了。
而一旦二人合了心思，其余票帅，几乎没有任何反抗的余地。
於是在接下来的几天里，整个草军大营，都笼罩在一种高压而肃杀的气氛之中。
黄巢就这样以铁血手腕，迅速地推行著他的整军计划。
虽然暗地里依旧是暗流涌动，怨言不断，但至少在表面上，这支庞大的起义军，第一次被拧成了一股绳，展现出了前所未有的凝聚力和纪律性。
此外，军师尚君长也开始费巨大的精力，来整顿鄂州城內的秩序。
在將鄂州確定为根基之地后，草军自然要將这座城池，从一个单纯的劫掠对象，转变为一个可以长期经营的后方基地。
尚君长的政策，实际上就是在黄巢入城后所下达的政策之上，进行了细化和深化。
黄巢入城后，就下了“止杀令”，不许各军枉杀百姓。
但当时他没有来得及划分各部队的驻防片区，也没有安顿好数万草军的住处。所以，纵然有严令在前，但各种侵占民宅、杀人抢掠的现象，依旧屡禁不止。
而尚君长接管城务之后，立刻下令，草军將士皆住在被查抄的豪右大贾之家，严禁侵占一般民居。
同时，为了严防不法棍徒纵火破坏，他又组织居民，以“坊”为单位，建立防火、灭火的联防队伍，並负责清扫城中的废墟瓦砾。
藉此，他成功地將各坊的人力都组织了起来，有效地防止了城中青壮年漏於草军的掌握之外。
之后，尚君长就开始实践他和王仙芝当初开出的旗號，即“天补均平”。
而要代天补人间之不平，首先就得將鄂州城內所有的物资和粮食，全部收归公有。
他设立了“均平仓”，將抄没来的粮食和財物集中管理，然后规定，城中居民，无论男女老幼，每日可按名册领取油一杯，谷三合。
一开始，尚君长也担心此举会引起巨大的反弹，所以他只是先將城北的贫民区，按照这种方式编伍起来，並没有立刻触动城南那些尚未被查抄的富户。
如此，尚君长又將鄂州的贫民、码头力夫们，编成了两个新的“均平军”。
只是这些人，大多带有游民或市井的习气，纪律涣散，並不被用於正面战事，更多的，还是充当草军的辅兵和苦力。
因为编练整合各路帅帐，又將城內数万贫户收拢进供给系统，草军的粮食压力，陡然变得巨大起来。
此前，草军从泰山一路突围、转战，队伍中就携带了大批的妇女、老幼。
虽然在转战中也频频攻城掠地，获得充裕的军资及粮食补给，草军的供给问题才没有出现大的困难。
可现在，草军確定以鄂州作为根基之地，这么多老营军士、隨军家眷的吃饭问题，便立刻凸显了出来。
鄂州地方狭小，產出有限，完全负担不起如此庞大的军资消耗。
再加上那些隨军家属，呆在军营之中，不事生產，不能自给，徒然消耗著本就紧张的粮米。
以上种种，不得不使得刚刚编练完八军的黄巢和王仙芝，再次坐到了一起商议。
他们一致认为，必须立刻派遣几支部队，向外开拓，以战养战。
他们的目標，指向了鄂州以南，富庶的荆南地区。
一方面，可以击破驻扎在那里的朝廷招討副使曾元裕所部，解除侧翼的威胁；另一方面，也是更重要的，便是开疆拓土，获得急需的粮食和人口。
於是，稍作整顿的草军，便在这秋意渐凉的九月中旬，兵分两路，主力南下岳州，偏师西进江陵，正式发起了南下岳、荆的战事。
一场新的、更大规模的战爭，就此拉开序幕。
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